​​برنامج ماجستير الفقه وأصوله في كلية الشريعة والدراسات الإسلامية هو برنامج يهدف إلى زيادة المعرفة بمفردات وموضوعات الفقه الإسلامي وأصوله والبحث فيهما، وتنمية مهارات وقدرات الطلبة الملتحقين بالبرنامج، بما يمكنهم من بيان الأحكام المتعلقة بالفقه وأصوله للناس، ويؤهلهم لمجالات أعلى إداريا في أسواق العمل التي ينتمي لها الطلبة، ولاسيما فيما يتعلق منها بالتدقيق والرقابة الشرعية، ودوائر القضاء والإفتاء، وغيرها، فضلا عن معرفة القواعد التي يمكن اتباعها للوصول إلى الأحكام الشرعية، والاطلاع على أسس الاجتهاد، ويظهر كل ذلك من خلال المساقات الإجبارية والاختيارية التي يدرسها الطالب والرسالة الجامعية التي يعدها، حيث تم توزيعها على النحو الآتي: ثمان عشرة ساعة مساقات إجبارية، وست ساعات مساقات اختيارية، وتسع ساعات رسالة في حقل التخصص الدقيق تتم مناقشته فيها بعد التأكد من جاهزيتها للمناقشة.